Fundada no século XVIII pelo português Antônio Soares. Ele morava na Rua do Faísca e projetou a capela para colocar a imagem de sua devoção, do Senhor Bom Jesus dos Aflitos e Boa Sentença, que mandou fazer a partir de uma estampa. A procissão de colocação da imagem saiu das Mercês, em 1748. Em 08 de agosto de 1825, formou-se a irmandade, fundada pelo Juiz Capitão Estanislau José da Cosa, e em 21 de janeiro de 1831 esta foi aprovada pelo Visconde d’Alcântara. Na Guerra da Independência o templo serviu de base para as tropas lusitanas, de julho de 1821 até 31 de agosto de 1824. Nesse período as imagens ficaram no Mosteiro de São Bento e as alfaias, ornamentos e mobílias espalhadas com outros guardiões.
